Quy định mới đáng chú ý được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 07 là Bộ Tài chính đã bổ sung quy định về gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên khi thực hiện thủ tục hải quan.
Cụ thể, Thông tư này quy định trong thời hạn 3 tháng tính đến thời hạn gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên, Tổng cục Hải quan căn cứ các thông tin thu thập từ các Cục Thuế, Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp có trụ sở chính và nơi doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu về kết quả quản lý, kết quả kiểm tra sau thông quan (nếu có) để quyết định gia hạn.
Ngoài ra, Thông tư 07 cũng bổ sung thêm thẩm quyền quyết định gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.
Bên cạnh đó, Thông tư mới đã thay đổi nơi nộp hồ sơ công nhận doanh nghiệp ưu tiên về thủ tục hải quan. Theo đó, doanh nghiệp có nhu cầu được áp dụng chế độ ưu tiên nộp trực tiếp hồ sơ đề nghị công nhận (bản giấy) đến Tổng cục Hải quan để được xem xét công nhận doanh nghiệp ưu tiên, thay vì gửi đến Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương theo quy định hiện hành.
Tuy nhiên, điểm đáng chú ý nhất tại Thông tư này là Tổng cục Hải quan sẽ là đơn vị thẩm định, kết luận về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên.
Cụ thể, Tổng cục Hải quan là đơn vị thẩm định, kết luận về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên, thay vì Cục Hải quan tỉnh, thành phố thẩm định hồ sơ theo quy định hiện hành tại Thông tư 72.
Theo đó, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định, Tổng cục Hải quan sẽ thẩm định, kết luận về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên. Đối với các trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến các Bộ, ngành có liên quan thì thời gian thẩm định có thể kéo dài nhưng không quá 30 ngày.
Thông tư 07/2019/TT-BTC đã chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 28/1/2019.